Межправительственный совет осуществляет следующие основные полномочия:

1) обеспечивает реализацию и контроль за исполнением настоящего Договора, международных договоров в рамках Союза и решений Высшего совета;

2) рассматривает по предложению Совета Комиссии вопросы, по которым при принятии решения в Совете Комиссии не достигнут консенсус;

3) дает поручения Комиссии;

4) представляет Высшему совету кандидатуры членов Совета и членов Коллегии Комиссии;

5) одобряет проекты бюджета Союза, Положения о бюджете Евразийского экономического союза и отчета об исполнении бюджета Союза;

6) утверждает Положение о ревизии финансово-хозяйственной деятельности органов Евразийского экономического союза, стандарты и методологию ревизий финансово-хозяйственной деятельности органов Союза, принимает решения о проведении ревизий финансово-хозяйственной деятельности органов Союза и определяет сроки их проведения;

7) рассматривает по предложению государства-члена вопросы, касающиеся отмены или изменения принятых решений Комиссии, либо, в случае недостижения согласия, вносит их на рассмотрение Высшего совета;

8) принимает решение о приостановлении действия решений Совета или Коллегии Комиссии;

9) утверждает порядок проверки достоверности и полноты сведений о доходах, имуществе и обязательствах имущественного характера членов Коллегии Комиссии, должностных лиц и сотрудников Комиссии, а также членов их семей;

10) осуществляет иные полномочия, предусмотренные настоящим Договором и международными договорами в рамках Союза.