К компетенции уполномоченного органа относятся:

1) реализация государственной политики в сфере создания и функционирования специальных экономических зон;

2) осуществление координации деятельности государственных органов и управляющих компаний в сфере создания, функционирования и упразднения специальных экономических зон, за исключением специальной экономической зоны "Астана – новый город";

3) разработка нормативных правовых актов, регламентирующих деятельность специальных экономических зон;

4) разработка и утверждение формы заявки и анкеты для регистрации в качестве участника специальной экономической зоны;

5) разработка типовых договоров об осуществлении деятельности;

6) привлечение участников специальной экономической зоны для участия в деятельности специальной экономической зоны, за исключением специальной экономической зоны "Астана – новый город";

7) ведение единого реестра участников специальной экономической зоны на основании сведений, представляемых органами управления специальной экономической зоны;

8) утверждение требований к технико-экономическому обоснованию создаваемой специальной экономической зоны;

9) внесение в Правительство Республики Казахстан предложения о создании или упразднении специальной экономической зоны;

10) определение порядка и периодичности представления органом управления специальной экономической зоны отчетности;

11) осуществление мониторинга за выполнением условий договоров об осуществлении деятельности, а также анализ данных мониторинга;

12) предоставление на ежегодной основе в Администрацию Президента Республики Казахстан и Правительство Республики Казахстан аналитической информации о результатах деятельности специальных экономических зон;

13) осуществление иных полномочий, предусмотренных настоящим Законом, иными законами Республики Казахстан, актами Президента Республики Казахстан и Правительства Республики Казахстан.