К компетенции Правительства Республики Казахстан относятся:

1) разработка основных направлений государственной политики в сфере внутреннего водного транспорта;

2) разработка государственных программ развития внутренних водных путей;

3) осуществление международного сотрудничества в сфере внутреннего водного транспорта;

4) утверждение правил эксплуатации внутренних водных путей;

5) утверждение правил государственной регистрации судна и прав на него, а также форм документов, удостоверяющих право собственности на судно, и прав на него;

6) утверждение перечней:

внутренних водных путей, открытых для судоходства;

обязательных услуг порта;

7) определение порядка пользования береговой полосой;

8) определение порядка осуществления лоцманской проводки судов;

9) утверждение квалификационных требований при лицензировании отдельных видов деятельности в сфере внутреннего водного транспорта;

10) определение порядка дипломирования лиц командного состава судов;

11) утверждение перечня опасных грузов, предназначенных для перевозки судами;

12) определение порядка судоходства по внутренним водным путям судами, плотами и иными плавучими объектами, осуществляющими перевозку опасных грузов;

13) принятие решений о запрете транзитного пассажирского сообщения по территории Республики Казахстан;

14) принятие решений о запретах на ввоз, вывоз, транзит багажа и груза на (с) территории Республики Казахстан;

15) утверждение образцов формы одежды (без погон) и знаков различия, порядка ношения форменной одежды, норм обеспечения ею и перечня должностей (профессий) работников государственного контроля, имеющих право ее ношения;

16) выполнение иных функций, возложенных на него Конституцией, законами Республики Казахстан и актами Президента Республики Казахстан.