Бюджетная система основывается на следующих принципах:

1) принцип единства - обеспечение применения единого бюджетного законодательства Республики Казахстан, в том числе использование единой бюджетной классификации, единых процедур осуществления бюджетного процесса на территории Республики Казахстан;

2) принцип полноты - отражение в бюджетах и Национальном фонде Республики Казахстан всех поступлений и расходов, предусмотренных законодательством Республики Казахстан, недопущение зачетов взаимных требований с использованием бюджетных средств, равно как и уступок прав требований по бюджетным средствам;

3) принцип реалистичности - соответствие утвержденных (уточненных, скорректированных) показателей бюджета утвержденным (скорректированным) параметрам и направлениям среднесрочной фискальной политики и среднесрочного плана социально-экономического развития Республики Казахстан и регионов;

4) принцип транспарентности - обязательное опубликование нормативных правовых актов в области бюджетного законодательства Республики Казахстан, утвержденных (уточненных, скорректированных) бюджетов и отчетов об их исполнении, другой информации, касающейся фискальной политики государства, за исключением сведений, составляющих государственную или иную охраняемую законом тайну; открытость бюджетного процесса, проведение государственного финансового контроля;

5) принцип последовательности - соблюдение органами государственного управления принятых ранее решений в сфере бюджетных отношений;

6) принцип эффективности и результативности - разработка и исполнение бюджетов, исходя из необходимости достижения определенных результатов, предусмотренных паспортами бюджетных программ с использованием оптимального объема бюджетных средств, необходимого для достижения этих результатов, или обеспечение наилучшего результата с использованием утвержденного объема бюджетных средств;

7) принцип приоритетности - осуществление бюджетного процесса в соответствии с приоритетными направлениями социально-экономического развития республики или региона;

8) принцип ответственности - привлечение участников бюджетного процесса к ответственности за нарушение бюджетного законодательства Республики Казахстан;

9) принцип самостоятельности бюджетов - установление стабильного распределения поступлений между бюджетами разных уровней и определение направлений их расходования в соответствии с настоящим Кодексом, право всех уровней государственного управления самостоятельно осуществлять бюджетный процесс в соответствии с настоящим Кодексом, недопустимость изъятия доходов, дополнительно полученных в ходе исполнения местных бюджетов, свободных остатков средств местных бюджетов в вышестоящий бюджет, за исключением случаев, установленных пунктом 6 статьи 40 настоящего Кодекса, недопустимость возложения на нижестоящие бюджеты дополнительных расходов без соответствующей компенсации.