В соответствии с пунктом 1 статьи 69 Закона Республики Казахстан "О налогах и других обязательных платежах в бюджет" превышение суммы налога, относимого в зачет, над суммой начисленного налога за отчетный период налогоплательщикам (за исключением применяющих упрощенный режим налогообложения в соответствии со статьями 138-2, 138-3, 138-4 настоящего Закона) по оборотам, облагаемым по нулевой ставке, возвращается в течение 90 дней (с 01.07.01 г.) с момента получения налоговым органом заявления налогоплательщика на основании представленной налогоплательщиком декларации по налогу на добавленную стоимость и проверки достоверности сумм налога, предъявленного к возврату, включая суммы налога, учтенные в декларациях по налогу на добавленную стоимость, представленных в налоговые органы поставщиками. Данная норма направлена на недопущение потерь бюджета в виде необоснованного возврата НДС, неуплачиваемого в бюджет поставщиками экспортеров.

Порядок возврата НДС налогоплательщикам по оборотам, облагаемым по нулевой ставке, определен в приложении N 3 "Положение о порядке возврата налога на добавленную стоимость" (далее - положение) к инструкции "О порядке исчисления и уплаты налога на добавленную стоимость", утвержденной приказом Министерства государственных доходов Республики Казахстан от 02.02.2001 г. N 117.

Решение о назначении проверки поставщика при подтверждении достоверности предъявленных к возврату сумм налога на добавленную стоимость принимается руководителем налогового органа с учетом следующих положений:

не производятся встречные проверки поставщиков, которые осуществляют реализацию товаров (работ, услуг), указанному налогоплательщику не менее одного раза в месяц в течение двенадцатимесячного периода, предшествующего моменту подачи таким налогоплательщиком заявления на возврат налога на добавленную стоимость;

обязательной проверке подлежат поставщики (за исключением вышеуказанных), которыми выписаны счета - фактуры с указанием налога на добавленную стоимость на сумму более 1 миллиона тенге.

Согласно пункту 2 вышеуказанного порядка действие положения распространяется на хозяйствующих субъектов Республики Казахстан, имеющих статус юридического лица независимо от формы собственности и являющихся плательщиками налога на добавленную стоимость, а также на нерезидентов, осуществляющих деятельность в Республике Казахстан через постоянное учреждение. В соответствии с пунктом 13 положения налоговые органы вправе производить встречные проверки поставщиков налогоплательщиков, осуществляющих обороты, облагаемые по нулевой ставке, на предмет их регистрации в налоговых органах и с целью выявления сумм налога на добавленную стоимость, отнесенных в зачет по счетам - фактурам, выставленным поставщиками, не являющимися плательщиками налога на добавленную стоимость.

Таким образом, положение по проверке достоверности налога, учтенного в декларациях по НДС, т.е. факт уплаты НДС по реализованным товарам, действует в отношении казахстанских поставщиков.