Совместная программа реализуется через конкретные программы, разработанные по основным направлениям деятельности. В каждой программе определяются способы ее реализации, устанавливаются сроки и предусматриваются источники финансирования.
Координация научно-исследовательских работ и выполнение совместных программ осуществляется на национальном уровне во взаимодействии с Интеграционным Комитетом.