Государственное регулирование деятельности транспорта осуществляется путем правового обеспечения, лицензирования, технического регулирования, налогообложения, кредитования, финансирования и ценообразования, осуществления инвестиционной, единой социальной и научно-технической политики, контроля и надзора за исполнением транспортными предприятиями законодательства Республики Казахстан.

Государственные органы не вправе вмешиваться в хозяйственную деятельность транспортных предприятий, а также отвлекать эксплуатационный персонал транспортных предприятий на другие работы, кроме случаев, предусмотренных законодательством Республики Казахстан.

В целях устранения ситуаций, угрожающих политической, экономической и социальной стабильности Республики Казахстан или ее административно-территориальной единицы, а также жизни и здоровью людей, государственные органы в пределах установленной законодательством Республики Казахстан компетенции издают нормативные правовые акты по вопросам использования железнодорожного, автомобильного, морского, внутреннего водного и воздушного транспорта, находящегося в ведении государственных органов.

Уполномоченный государственный орган разрабатывает и утверждает правила выполнения и оформления воинских перевозок перевозчиками независимо от формы собственности, в том числе порядок применения воинских тарифов на видах транспорта.